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L'ADN prélevé dans l'environnement (EDNA) est un moyen utile pour découvrir des modes de biodiversité. En combinant un modèle conceptuel et des données empiriques, nous testons si EDNA transportés dans les réseaux hydrographiques peut être utilisé comme un moyen d'intégration pour évaluer la biodiversité eucaryote pour de larges échelles spatiales et à travers l'interface terre-eau. En utilisant une approche de metabarcode EDNA, nous détectons 296 familles des eucaryotes, couvrant 19 embranchements à travers le bassin versant d'une rivière. Nous montrons pour un sous-ensemble de ces familles que les échantillons EDNA surmonter les préjugés d'autocorrélation spatiale associés aux évaluations communautaires classiques en intégrant les informations de la biodiversité dans l'espace. En outre, nous démontrons que de nombreuses espèces terrestres sont détectés; suggérant ainsi EDNA dans l'eau de la rivière intègre également des informations sur la biodiversité biomes terrestres et aquatiques. ADN environnemental transportés dans les réseaux fluviaux offre une façon nouvelle et spatialement intégrée pour évaluer la biodiversité totale des paysages entiers et transformera l'acquisition de données sur la biodiversité en écologie.